Non ha piovuto nel pomeriggio malese e i piloti hanno così potuto sfruttare il secondo turno di prove libere che si è concluso con Alex Rins al vertice. Il pilota della Suzuki ha siglato il miglior crono in 1’59.608, migliorando il primo tempo del Dovi nelle fp1 di 89 millesimi, ed è seguito dal campione del mondo Marc Marquez, che paga solo 93 millesimi di ritardo. Si conferma competitivo anche Jack Miller su questa pista, che ha ottenuto il terzo miglior tempo a 163 millesimi dal primo, con la Ducati del team Alma Pramax Racing, e che è seguito dal vincitore del GP d’Australia Maverick Vinales, a poco meno di due decimi dalla vetta. Chiude la top 5 Danilo Petrucci, seguito da Valentino Rossi che paga un distacco più ampio, di quattro decimi dalla vetta, pur avendo invece un buon passo di gara come il suo compagno di squadra. Settimo crono per il leader delle fp1 Andrea Dovizioso, vincente qui nei due ultimi Gran Premi disputati, e il primo pilota a pagare mezzo secondo di distacco da Rins è Johann Zarco, pilota del team Tech 3, ottavo.
Rientrano nella top 10 Andrea Iannone, nono, e Dani Pedrosa, decimo, a +0.971 dal primo. Resta fuori il debuttante Takaaki Nakagami (team LCR), seguito da Alvaro Bautista e dall’altro “rookie” Franco Morbidelli, alla guida della Honda del team Marc VDS. Guardando alla classifica combinata dei tempi nella, stando così le cose nella Q2 di domani dovrebbero entrare i primi nove classificati nella fp2 ai quali si aggiunge Aleix Espargaro, autore di un ottimo giro nelle fp1.